Perlakuan Benih Cabe Keriting

Cabai merupakan salah satu komoditas sayuran yang terpenting di Indonesia. Cabai yang dibudidayakan secara luas di Indonesia termasuk spesies Capsicum annuum L. (misalnya cabai besar dan cabai keriting) dan C. frutescens L. (misalnya cabai rawit).

Salah satu penyakit utama pada pertanaman cabai adalah antraknosa atau pathek yang disebabkan oleh cendawan Colletotrichum capsici. Pada kondisi lingkungan yang optimum bagi perkembangan patogen, antraknosa dapat menghancurkan seluruh areal pertanaman cabai (Prajnanta, 1999). Penyakit antraknosa sukar dikendalikan karena infeksi patogennya bersifat laten dan sistemik, penyebaran inokulum dilakukan melalui benih (seed borne) atau angin serta dapat bertahan pada sisa-sisa tanaman sakit. Serangan patogen antraknosa pada fase pembungaan menyebabkan persentase benih terinfeksi tinggi walaupun benih tampak sehat. Cendawan C. capsici dapat menyerang inang pada segala fase pertumbuhan (Sinaga, 1992).

Oleh karena itu, upaya yang paling mudah dan murah untuk mencegah penyakit antraknosa pada pertanaman cabai adalah dengan menjaga kesehatan benih dan menerapkan metode enhancement. Salah satu metode enhancement menurut Copeland dan McDonald (1995) adalah Seed coating, yakni metode untuk memperbaiki mutu benih menjadi lebih baik dengan penambahan bahan kimia pada coating yang dapat mengendalikan dan meningkatkan perkecambahan. Ilyas (2003) menambahkan bahwa penggunaan seed coating dalam industri benih sangat efektif karena dapat memperbaiki penampilan benih, meningkatkan daya simpan, mengurangi risiko tertular penyakit dari benih di sekitarnya, dan dapat digunakan sebagai pembawa zat aditif, misalnya antioksidan, anti mikroba, repellent, mikroba antagonis, zat pengatur tumbuh dan lain-lain.

Deteksi Virus Patogen dengan Metode LAMP

Produksi budidaya tanaman dalam bidang pertanian dapat bernilai tinggi baik secara kualitas maupun kuantitas apabila faktor-faktor yang mempengaruhi produksi tersebut dilakukan secara baik. Salah satu faktor yang mempengaruhi produksi pertanian adalah Benih tanaman. Benih yang bermutu rendah, baik dalam hal daya tumbuh maupun karena terinfeksi patogen tular benih, apabila ditanam akan menghasilkan populasi tanaman per satuan berat benih dan luas tanam yang lebih rendah dibanding benih yang bermutu tinggi. Populasi tanaman yang tumbuh dan dipanenmerupakan faktor yangmenentukan tinggi rendahnya produksi dan produktivitas tanaman.  Rendahnya populasi tanaman antara lain disebabkan oleh daya tumbuh benih yang rendah, atau oleh serangan hama dan penyakit. Benih yang tidak sehat (terinfeksi oleh patogen) akan tumbuh menjadi kecambah dan tanaman yang juga tidak sehat, sehingga tidak mampu berproduksi optimal. Infeksi patogen tular benih tersebut seringkali tidak nampak jelas pada benih dan barumemperlihatkan gejala pada kecambah, bahkan adakalanya baru tampak pada saat tanaman sudah tumbuh dewasa (Saleh, 2008).

Salah satu patogen benih yang berpotensi merugikan adalah virus. Penyakit mosaik pada tanaman cabai umumnya disebabkan oleh gabungan beberapa patogen virus. TMV merupakan virus yang diketahui dapat ditularkan melalui benih (Widodo dan Wiyono, 1995). Tanaman yang terserang TMV menurut Widodo dan Wiyono, menunjukkan gejala, yaitu daun-daun muda berubah menjadi warna belang kuning hijau, keriting serta berkerut, tanaman kerdil, buah belang dan berwarna kuning, serta munculnya garis nekrosis pada daun cabai yang menyebabkan terjadinya gugur daun.

Untuk mendeteksi virus yang terdapat dalam benih maka harus dilakukan prosedur-prosedur tertentu, Karena ukuran virus sangat kecil, menyebabkan virus sulit dideteksi. Ada sejumlah teknik yang biasanya digunakan untuk identifikasi awal virus, yaitu (Burgess, 1955):

1.      Menggunakan mikroskop elektron untuk memvisualisasi virus di dalam sel-sel jaringan.

2.      Menumbuhkan virus di laboratorium menggunakan cell line, yaitu melakukan kultur sel jaringan di laboratorium (in vitro).

3.      Identifikasi virus menggunakan teknik serologi, menggunakan serum dari inang yang mengandung antibodi spesifik terhadap virus tertentu. Dengan demikian manakala virus (sebagai antigen) kontak dengan serum akan terjadi aglutinasi sebagai respon antibodi terhadap antigen.

4.      Menggunakan PCR dan sequencing DNA.

5.      Secara imunokimia/imunositokimia.

Selain itu, terdapat juga metode modern yang sering disebut dengan metpde LAMP. Metode deteksi virus patogen dengan metode Loop mediated isothermal amplification (LAMP)  merupakan teknik tabung tunggal untuk amplifikasi DNA. Amplifikasi dan deteksi gen dengan LAMP (Anonim, 2005) dapat diselesaikan dalam satu langkah, yaitu dengan menginkubasi campuran sampel DNA, primer, dan DNA polimerase pada suhu konstan (sekitar 65 ° C) selama 15-60 menit. Deteksi secara visual dapat dilakukan dengan bantuan flourecence.

Deteksi Virus Patogen dengan Metode PCR

Metode deteksi virus umumnya menggunakan metode teknik Enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) dan reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). ELISA didasarkan pada penggunaan antibodi yang didapatkan dari hewan untuk mengenali protein virus. Metode ini telah lama digunakan untuk pengujian virus tanaman karena kemudahan dan sensitivitasnya yang cukup baik. Meskipun demikian metode ini mempunyai kelemahan yaitu, kemungkinan terjadinya reaksi silang dengan protein tanaman (Webster et al. 2004). Teknik RT-PCR didasarkan pada pendeteksian RNA virus. Teknik ini memiliki keunggulan dibandingkan dengan ELISA karena memiliki spesifitas dan sensitivitas yang lebih baik (Henson & French 1993). Namun  di balik keunggulannya metode RT-PCR juga memiliki beberapa kekurangan diantaranya adalah keberadaan senyawa inhibitor pada ekstrak RNA total tanaman yang dapat mempengaruhi proses amplifikasi DNA target (Narayanasamy 2008).

Selain teknik RT-PCR dan Elisa deteksi virus pathogen juga dapat dilakukan dengan Teknik sintesis dan amplifikasi fragmen DNA secara in vitro yang dikenal dengan Polymerase chain reaction (PCR) merupakan salah satu metode untuk mengidentifikasi penyakit infeksi yang baru-baru ini banyak dikembangkan. Metode ini digunakan untuk mengatasi kelemahan metode diagnosis konvensional seperti imunologi dan mikrobiologi. Patogen memiliki waktu generasi lama dan tidak dapat dibiakkan secara in vitro atau patogen yang mirip dengan flora normal sulit untuk dideteksi dengan cara mikrobiologi biasa. Sedangkan titer antibodi tinggi tidak selamanya berbanding lurus dengan adanya infeksi aktif (Retnoningrum 1997). Oleh karena itu perlu dilakukan deteksi virus penting yang mungkin menyerang tanaman dengan metode PCR.

Deteksi Bakteri Patogen Benih Cabe Keriting (Capsicum Annum)

Diagnosis penyakit yang disebabkan bakteri dan identifikasi bakteri penyebabnya terutama didasarkan pada gejala penyakit, terdapatnya bakteri dalam jumlah besar secara terus menerus pada daerah terserang, dan tidak terdapat patogen lain di tempat tersebut. Telah tersedia medium selektif untuk pemeliharaan secara selektif untuk hampir semua jenis bakteri patogenik tumbuhan yang bebas dari saprofit umum, sehingga dapat diidentifikasi sampai tingkat genus bahkan sampai tingkat spesies (Agrios, 1996).

Deteksi Jamur Patogen Benih Cabe

Fungi atau jamur merupakan penyebab penyakit infeksi yang utama pada tanaman. Jamur merusak tanaman dengan berbagai cara. Misalnya spora yang masuk ke dalam bagian tanaman lalu mengadakan pembelahan dengan cara pembesaran sel yang tidak teratur sehingga menimbulkan bisul-bisul. Pertumbuhan yang tidak teratur ini mengakibatkan sistem kerja jaringan pengangkut air menjadi terganggu sehingga kehidupan tanaman menjadi merana (Wudianto, 1999).

Salah satu penyakit utama pada pertanaman cabai yang disebabkan oleh cendawan adalah antraknosa atau pathek. Kerugian yang disebabkan oleh antraknosa dapat mencapai 60 % atau lebih (Duriat et al., 1991; Hartman dan Wang, 1992).

Patologi Benih

Silakan baca file .PDF -nya di link ini.