Metode deteksi virus umumnya menggunakan metode teknik Enzyme
linked immunosorbent assay (ELISA) dan reverse transcription polymerase
chain reaction (RT-PCR). ELISA didasarkan pada penggunaan antibodi yang
didapatkan dari hewan untuk mengenali protein virus. Metode ini telah lama
digunakan untuk pengujian virus tanaman karena kemudahan dan sensitivitasnya
yang cukup baik. Meskipun demikian metode ini mempunyai kelemahan yaitu,
kemungkinan terjadinya reaksi silang dengan protein tanaman (Webster et al.
2004). Teknik RT-PCR didasarkan pada pendeteksian RNA virus. Teknik ini
memiliki keunggulan dibandingkan dengan ELISA karena memiliki spesifitas dan
sensitivitas yang lebih baik (Henson & French 1993). Namun di balik keunggulannya metode RT-PCR juga
memiliki beberapa kekurangan diantaranya adalah keberadaan senyawa inhibitor
pada ekstrak RNA total tanaman yang dapat mempengaruhi proses amplifikasi DNA
target (Narayanasamy 2008).
Selain
teknik RT-PCR dan Elisa deteksi virus pathogen juga dapat dilakukan dengan
Teknik sintesis dan amplifikasi fragmen DNA secara in vitro yang dikenal
dengan Polymerase chain reaction (PCR) merupakan salah satu metode untuk
mengidentifikasi penyakit infeksi yang baru-baru ini banyak dikembangkan.
Metode ini digunakan untuk mengatasi kelemahan metode diagnosis konvensional seperti
imunologi dan mikrobiologi. Patogen memiliki waktu generasi lama dan tidak
dapat dibiakkan secara in vitro atau patogen yang mirip dengan flora
normal sulit untuk dideteksi dengan cara mikrobiologi biasa. Sedangkan titer
antibodi tinggi tidak selamanya berbanding lurus dengan adanya infeksi aktif
(Retnoningrum 1997). Oleh karena itu perlu dilakukan deteksi virus penting yang
mungkin menyerang tanaman dengan metode PCR.
