Produksi budidaya tanaman dalam bidang pertanian dapat bernilai tinggi baik
secara kualitas maupun kuantitas apabila faktor-faktor yang mempengaruhi
produksi tersebut dilakukan secara baik. Salah satu faktor yang mempengaruhi
produksi pertanian adalah Benih tanaman. Benih yang bermutu rendah, baik dalam
hal daya tumbuh maupun karena terinfeksi patogen tular benih, apabila ditanam
akan menghasilkan populasi tanaman per satuan berat benih dan luas tanam yang
lebih rendah dibanding benih yang bermutu tinggi. Populasi tanaman yang tumbuh
dan dipanenmerupakan faktor yangmenentukan tinggi rendahnya produksi dan
produktivitas tanaman. Rendahnya
populasi tanaman antara lain disebabkan oleh daya tumbuh benih yang rendah,
atau oleh serangan hama dan penyakit. Benih yang tidak sehat (terinfeksi oleh
patogen) akan tumbuh menjadi kecambah dan tanaman yang juga tidak sehat,
sehingga tidak mampu berproduksi optimal. Infeksi patogen tular benih tersebut
seringkali tidak nampak jelas pada benih dan barumemperlihatkan gejala pada
kecambah, bahkan adakalanya baru tampak pada saat tanaman sudah tumbuh dewasa
(Saleh, 2008).
Salah satu patogen benih yang berpotensi
merugikan adalah virus. Penyakit mosaik pada tanaman cabai umumnya disebabkan oleh gabungan
beberapa patogen virus. TMV merupakan virus yang diketahui dapat ditularkan
melalui benih (Widodo dan Wiyono, 1995). Tanaman yang terserang TMV menurut
Widodo dan Wiyono, menunjukkan gejala, yaitu daun-daun muda berubah menjadi
warna belang kuning hijau, keriting serta berkerut, tanaman kerdil, buah belang
dan berwarna kuning, serta munculnya garis nekrosis pada daun cabai yang menyebabkan
terjadinya gugur daun.
1. Menggunakan mikroskop elektron untuk
memvisualisasi virus di dalam sel-sel jaringan.
2. Menumbuhkan virus di laboratorium menggunakan cell line, yaitu melakukan kultur sel
jaringan di laboratorium (in vitro).
3. Identifikasi virus menggunakan teknik serologi,
menggunakan serum dari inang yang mengandung antibodi spesifik terhadap virus
tertentu. Dengan demikian manakala virus (sebagai antigen) kontak dengan serum
akan terjadi aglutinasi sebagai respon antibodi terhadap antigen.
4. Menggunakan PCR dan sequencing DNA.
5. Secara imunokimia/imunositokimia.
Selain itu, terdapat juga metode modern yang sering disebut dengan metpde
LAMP. Metode deteksi virus patogen dengan metode Loop mediated isothermal amplification (LAMP) merupakan teknik tabung tunggal untuk
amplifikasi DNA. Amplifikasi dan
deteksi gen dengan LAMP (Anonim, 2005) dapat diselesaikan dalam satu langkah,
yaitu dengan menginkubasi campuran sampel DNA, primer, dan DNA polimerase pada
suhu konstan (sekitar 65 ° C) selama 15-60 menit. Deteksi secara visual dapat
dilakukan dengan bantuan flourecence.
